Von den Fließgewässern können etwa 1.600 Kilometer fischereilich genutzt werden, wobei die kühlen, schnell fließenden Salmonidengewässer die große Mehrheit bilden. Das Amt für Wildtiermanagement überwacht diese Bestände kontinuierlich. Die Brütlingskontrollen im Jahr 2025 lieferten für Forellen und Äschen im langjährigen Vergleich jedoch nur mäßig-schlechte Ergebnisse, was die Notwendigkeit aktiver Managementmaßnahmen unterstreicht.

Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf dem Erhalt der genetischen Vielfalt heimischer Leitfischarten wie der Marmorierten Forelle und der Adriaäsche. Da diese Arten in den Hauptgewässern oft nur geringe Biomassen und unzureichende Altersstrukturen aufweisen, wird die natürliche Fortpflanzung durch gezielten Besatz unterstützt. Um eine Domestikation zu verhindern und die Fitness der Wildbestände zu sichern, wird landesweit ausschließlich genetisch kontrolliertes, befruchtetes Eimaterial oder frühe Jungfischstadien aus Nachkommen von Wildfischen ausgebracht. Ähnlich kritisch ist die Lage beim heimischen Dohlenkrebs, der nur noch an sechs Standorten nachgewiesen wurde. Hier wird im Aquatischen Artenschutzzentrum in Schenna eine gezielte Genpoolsicherung durchgeführt.

Gleichzeitig erfordert die Ausbreitung invasiver Arten wie des Signal- oder des 2024 erstmals auf dem italienischen Festland entdeckten Marmorkrebses intensive Kontroll- und Eindämmungsmaßnahmen. Die fischereiliche Nutzung wird in Südtirol von über 100 Bewirtschaftern organisiert, wobei über 90 % der Gewässer mit Eigenfischereirechten belegt sind. Im Jahr 2025 wurden etwa 23.900 Fänge bei insgesamt 3.915 ausgegebenen Jahreskarten registriert. Das Interesse an der Fischerei bleibt hoch: 373 Personen erlangten 2025 durch die Fischerprüfung eine neue Lizenz. Die Einhaltung der Schutzbestimmungen wird durch das Landesforstkorps und Fischereiaufseher streng überwacht, was im Berichtsjahr zu 28 Verwaltungsverfahren im Fischereibereich führte.